امامزاده جعفر(ع) در زمان محمد بن متوکل عباسی ملقب به المنتصر بالله بر حاکم منطقه که شخصی بنام داوود کوفی بود به هندیجان وارد شد.اولاد ندارد و امیر وقت یکصد جریب وقف ایشان نموده است(منبع: بحرالانساب امیر تیمور گورکانی)
روایت دوم: امامزاده جعفر فرزند امامزاده حمزه ( 27 کیلومتری جاده ماهشهر به هندیجان) فرزند امام موسی الکاظم(ع) می باشد.ایشان به همراه عموی خود احمد بن موسی(ع) معروف به شاه چراغ و پدر و بسیاری از خانواده و یاران برای دیدار با عموی خویش امام رضا(ع) وارد ایران شده و به طرف شیراز می روند که به دستور خلفای عباسی قتل عام می شوند و عده قلیلی نجات پیدا کرده از طریق خوزستان قصد قم می کنند.
در یک ذوالقعده 203 ه امامزاده حمزه(ع) در خور غزاله بین هندیجان و ماهشهر به شهادت می رسد و دوم ذوالقعده امامزاده جعفر(ع) در هندیجان شهید می شود.ظاهراً دارای یک دختر و دو پسر بوده که دختر به همراه ایشان دفن است و این امامزاده جلیل اقدر در زمان شهادت حدود 23 سال داشته است.
این بقعه در چند دهه گذشته توسط سیدشمال موسوی مهر ،کشف و بازسازی شد است.
سیدشمال از ساکنان روستای چم خف عیسی(شهر زهره فعلی) بوده و جهت کسب روزی در جوانی راهی کویت می شود.پس از مدتی در خواب دو سید می بیند که به او نقطه ای را نشان می دهند و می گویند امامزاده است.سادات از او می خواهند به ایران برگردد و قبر امامزاده را از زیر خاک خارج کند.سید ابتدا اعتنایی نمی کند.چندین بار خواب تکرار می شود و در یکی از آن خوابها سادات یقه سید را می چسبند و عامرانه به او می گویند برود و کاری که می گویند را به سرانجام برساند.سید به ایران برمی گردد و در ابتدای برگشتش به وطن پدرش را از دست می دهد.به رسم آن روزها چهل روز عزادار می شود و ماموریت فراموش می گردد.شب بعد از چهلم پدر،سیدشمال بار دیگر خواب آن دو سید را می بیند که به او می گویند چهل روز پدرت هم گذشت دیگر منتظر چه هستی کار را شروع کن.
سید با مقدار پولی که از کویت آورده چند کارگر استخدام می کند و به نقطه مورد نظر می رود.آن محل چند متری بقعه ای دیگر معروف به قدمگاه امیرالمومنین(ع) است.کندن زمین یک هفته ای طول می کشد ولی نتیجه ای نمی دهد.سید پریشان می شود ولی نمی تواند خواب را انکار کند.کمی ادامه می دهند تا اینکه کلنگ یکی از کارگران به سنگی برخورد می کند.
سنگ قبری با خط کوفی صاحب قبر را معرفی می کند: علویّه بنت امام موسی الکاظم(ع)
حسن بن حمزه(ع) معاصر با بیست وششمین خلیفه عباسی یعنی ابوجعفر عبدالله القائم بأمرالله (422 ه - 467ه) که در بلاد عجم اقدام به تعقیب سادات می نمود با برادران و عموزادگان و تعدادی از یاران خویش از راه دریا وارد منطقه هندیجان می شود.این سادات که قصد سفر به شهر مقدس قم را داشتند به علت ناآشنایی به منطقه چند روزی را در منطقه هندیجان اقامت می نمایند که محل سکونت آنان توسط جاسوسان به حکام بنی عباس گزارش می شود.همان روز جنگی میان سپاه بنی عباس با سادات در این منطقه بوقوع می پیوندد که از اول صبح تا ظهر آن روز ادامه داشته و حسن بن حمزه(ع) توسط عبدالصالح عبود دمشقی به شهادت می رسد و سر از تنش جدا می گردد.تن شریف ایشان بعد از چند روز توسط سکان محلی در همان نقطه به خاک سپرده می شود.(منبع: بحرالانساب امیرتیمور گورکانی)
