امامزاده جعفر(ع) در زمان محمد بن متوکل عباسی ملقب به المنتصر بالله بر حاکم منطقه که شخصی بنام داوود کوفی بود به هندیجان وارد شد.اولاد ندارد و امیر وقت یکصد جریب وقف ایشان نموده است(منبع: بحرالانساب امیر تیمور گورکانی)
روایت دوم: امامزاده جعفر فرزند امامزاده حمزه ( 27 کیلومتری جاده ماهشهر به هندیجان) فرزند امام موسی الکاظم(ع) می باشد.ایشان به همراه عموی خود احمد بن موسی(ع) معروف به شاه چراغ و پدر و بسیاری از خانواده و یاران برای دیدار با عموی خویش امام رضا(ع) وارد ایران شده و به طرف شیراز می روند که به دستور خلفای عباسی قتل عام می شوند و عده قلیلی نجات پیدا کرده از طریق خوزستان قصد قم می کنند.
در یک ذوالقعده 203 ه امامزاده حمزه(ع) در خور غزاله بین هندیجان و ماهشهر به شهادت می رسد و دوم ذوالقعده امامزاده جعفر(ع) در هندیجان شهید می شود.ظاهراً دارای یک دختر و دو پسر بوده که دختر به همراه ایشان دفن است و این امامزاده جلیل اقدر در زمان شهادت حدود 23 سال داشته است.
